1146 bestätigt eine Urkunde den Froburger Grafen Adalbero als Stifter des Klosters. Er sichert sich so die Kontrolle der wichtigen Handelsroute über den Hauenstein. 1187 wird die Kirche an Maria geweiht, 1266 zum ersten Mal die Benediktinerinnen als Nonnen erwähnt. Um 1400, nach dem Erlöschen der Froburger, fällt das Amt Waldenburg an die Stadt Basel. Kurz danach übernimmt der Orden der Serviten das Kloster. Den Kirchweihtag 1525 - vier Jahre vor der Basler Reformation - nutzen die dem Kloster untertänigen Bauern zur Plünderung und Verwüstung. Ab 1541 erhält das Basler Bürgerspital die Erträge des auf dem Klostergut eingerichteten Sennhofes u.a. für seine Armen- und Krankensorge. Von 1645 bis 1682 wurde in der Klosterkirche eine Ziegelbrennerei betrieben.

Kirche und Stiftsgebäude sind noch heute mit diesen Ziegeln eingedeckt. Nach der Kantonstrennung ersteht 1833 der Basler Bankier Merian das Kloster als Sommersitz für die Familie - Langenbruck wird ein aufstrebender Kurort. Derweil nutzen die Pächter des Landguts die Kirche als Geräte- und Holzschopf. 1967 stellt der Kanton Basel-Landschaft die Kirche unter Denkmalschutz, trotzdem wird sie erst durch den Gründer John Schmid renoviert und 2000 ihrer neuen Bestimmung als Kunstort zugeführt. 2018 wird die Stiftung Sculpture at Schoenthal mit der Stiftung Edith Maryon fusioniert. Der Kunst- und Kulturbetrieb wird vom Verein Kloster Schönthal weitergeführt.